Stojadinović se morao uhvatiti u koštac sa hroničnim otvorenim pitanjem koji je bio sveprisutan od stvaranja zajedničke države Južnih Slovena, a to je bilo tzv. „hrvatsko pitanje“ u Kraljevini Jugoslaviji. Stojadinović je bio pristalica unitarističkog uređenja i nije bio spreman da izađe u susret stavovima hrvatske političke elite koja je smatrala da se država mora federalizovati kako bi se sprečila srpska dominacija. Stojadinović se odlučio na politiku izolacije hrvatskog faktora, napravivši radikalan zaokret u spoljnjoj politici u pravcu jačanja saradnje, upravo sa Hitlerom i Musolinijem kako bi neutralisao njihovu podršku hrvatskim secesionističkim organizacijama i njihovim ciljevima.