Мате Бобан је био председник такозване Хрватске Републике Херцег-Босне, парадржаве босанско-херцеговачких Хрвата, која је била створена по налогу Загреба. Такође је био и врховни командант Хрватског Вијећа Одбране, које је представљало оружану формацију босанско-херцеговачких Хрвата у периоду од 1992. године до 1995. године. Уз велику подршку војске Републике Хрватске, Хрватско Вијеће Одбране сматрало се једном од најбројнијих и најефикаснијих хрватских војних формација на простору бивше Југославије.
Формирање Хрватске Републике Херцег-Босне и Хрватског Вијећа Одбране имало је за циљ протеривање, прво Срба са подручја Босне и Херцеговине, а касније и муслимана, како би се напослетку обновила некадашња државна творевина Независна Држава Хрватска. Након завршетка рата, Мате Бобан означен је од стране Међународног кривичног суда за бившу Југославију у Хагу као руководилац удруженог злочиначког подухвата на територији Босне и Херцеговине. Као председник Хрватске Републике Херцег-Босне био је упознат са свим детаљима убистава, пљачки, силовања, рушења православних богомоља, депортације, етничког чишћења које су вршили припадници Хрватског Вијећа Одбране. Оваква политичка оријентација не чуди, с обзиром на то да је Мате Бобан рођен у усташкој породици у селу Совићи, на граници српских земаља Херцеговине и Далмације. Задојен националном мржњом, прве шовинистичке испаде имао је већ почетком седамдесетих година, у време када је у СР Хрватској букнуо проусташки покрет МАСПОК.
Многи Хрвати данас се слажу да је Херцег-Босна била, а и даље јесте, штетна за Хрватску. Током рата, због ње су Хрвати заратили са муслиманима, и тиме поред Срба, стекли још једног непријатеља на територији Босне и Херцеговине. Данас, економски неразвијена, без великог утицаја на вођење политике Федерације, Херцег-Босна представља велики терет званичној политици Републике Хрватске. Одвајање Херцег-Босне од Федерације и припајање ове територије Републици Хрватској, значило би припајање Републике Српске Републици Србији. Ово је нешто што Загреб ни по цену свог народа у Федерацији, из стратешких разлога, не жели да дозволи. Из наведеног се да закључити, да је Херцег-Босна, највећи расадник усташа, данас потенцијално најбољи савезник босанских Срба. Жељко Комшић, члан Председништва Босне и Херцеговине из редова хрватског народа, три пута је успео, сасвим законито, изиграти Дејтонски споразум и искористити своје хрватско име и презиме, како би победио као Босанац. Мате Бобан истицао је да су Срби, као њихова хришћанска браћа, мања опасност по хрватски народ од Бошњака, односно муслимана. Као председник Херцег-Босне, маја 1992. године, Бобан потписује споразум са Радованом Караџићем у Грацу. У споразуму се говори о престанку сукоба хрватских и српских снага на територији Босне и Херцеговине, те о њиховом територијалном разграничењу. Тај споразум је изазвао доста контроверзи, али на крају се није поштовао јер су сукоби између српских и хрватских снага недуго потом настављени.
Политичко и војно деловање Мате Бобана никако не може да се посматра као независно од деловања Загреба. Често је ишао у Загреб на састанке са највишим цивилним и војним представницима Републике Хрватске, као што су: Фрањо Туђман, Гојко Шушак, Јанко Бобетко и други. Тамо је добијао директиве и упутства, као и финансијску и логистичку помоћ за остваривање планова за етничко чишћење Босне и Херцеговине. Међутим, по завршетку рата у Босни и Херцеговини, Мате Бобан је говорио да је издан од стране Туђмана и његових блиских сарадника.
У време када је Хашки трибунал започео са подизањем оптужница против паравојних и политичких структура босанско-херцеговачких Хрвата за злочине који су почињени током 1992-1994. године, Мате Бобан умире у Мостару 7. јула 1997. године, те никада није одговарао за своја недела пред судом. Након више од две деценије, Хрвати у Босни и Херцеговини, без обзира на пресуде из Хага, у њему и даље виде идола. Штавише, сваке године, 28. августа на годишњицу оснивања Хрватске Републике Херцег-Босне политички представници босанско-херцеговачких Хрвата, заједно са представницима Оружаних снага Босне и Херцеговине одлазе на његов гроб, где се полажу венци и држе говори захвалности. Ово је још један пример једностраног погледа хрватског народа на дешавања из деведесетих година прошлог века, што је данас енорман терет на односе Републике Србије и Републике Хрватске.